Gibuti si trova nella penisola del Corno d'Africa, confinante con l'Eritrea a nord, l'Etiopia a ovest e a sud, e il Somaliland a sud-est. Il Golfo di Aden si trova a est. Il paese può essere diviso in tre regioni: la pianura costiera e gli altopiani vulcanici nelle parti centrale e meridionale del paese e le catene montuose a nord. Gran parte del paese è terra desolata con praticamente nessuna terra arabile.